有些卵巢囊腫會復發，容易復發的卵巢囊腫，最常見于子宮內膜異位囊腫，即巧克力囊腫。巧克力囊腫是由于子宮內膜異位到卵巢，隨著女性每一次來月經，會在卵巢部位發生出血，時間久了就會形成卵巢囊腫。雖然手術可以將囊腫去除，但是有些異位的內膜，肉眼看不見，也不能去除干凈，仍然會發生復發。 所以女性在做完巧克力囊腫手術以后，會用GnRH-a的藥物，來抑制巧克力囊腫的復發。另外有一些囊腫，比如畸胎瘤等，畸胎瘤在做完手術以后，也有復發的可能性，有些女性可能會做1-2次手術，甚至3次手術。建議女性在做完卵巢囊腫手術以后，定期復查。