由于脊索瘤對放、化療均不太敏感，因此普通化療藥物效果較差，僅部分分子靶向藥物具有一定的療效，但一段時間后會出現耐藥現象。目前脊索瘤無特效藥物，僅能對癥治療，由于脊索瘤屬于惡性腫瘤，患者多有營養不良、貧血、低蛋白血癥，并且伴有嚴重的疼痛癥狀，因此需要服用緩解疼痛的藥物和改善患者身體狀況的藥物，但是具體用藥需結合臨床，以醫生面診為準。