脊索瘤發生在顱底中線部位，主要是斜坡來源的一種良惡交界性腫瘤，處理方式首選手術。但是手術之后有一部分患者即使在肉眼下全切，在5年之后仍然有復發的情況，可以進行綜合治療。綜合治療首先可以考慮二次手術，但是如果腫瘤生長在一些重要結構上，比如大血管旁，有可能被腫瘤侵蝕后易引起手術帶來大血管破裂出血的風險。這種情況下還可以考慮放射治療，同時取出病理篩選有無敏感的靶向藥以及放療手段。對于放療敏感的患者還可以采用另一種方式，目前亞洲和國內也都開始進行，叫做質子刀，它是通過一種高速的粒子來轟擊腫瘤細胞，效果不錯，但是費用非常昂貴，所以目前國內和世界上對于脊索瘤的治療還是以手術為主。