超聲引導下胃腸道病變穿刺活檢會增加胃腸道出血和穿孔的風險，患者進行活檢之前需要麻醉，所以也會增加麻醉的風險。胃腸道的黏膜病變可以通過內鏡活檢明確性質，但是對于腔外病變、腹腔內占位性病變等需要先做CT、超聲內鏡先明確病變大致情況，醫生初步做出印象診斷之后再進行穿刺活檢來明確病理性質，如判斷病變的良惡性。