胃間質瘤的治療需要依據腫瘤的大小和位置，選擇局部治療、近端胃大部切除、遠端胃大部切除或者全胃切除。切除原則為距腫瘤2-3cm的切緣，以保證徹底清除腫瘤，而不需要進行淋巴結清掃。此外，對于中度和高度危險的患者，建議采取手術治療聯合靶向治療；對于無法進行切除手術或者術后復發的患者，也可以使用靶向治療控制病情，之后追加手術治療。