胃腸間質瘤的治療方法總體分為手術和藥物治療兩種。手術治療主要是指通過開腹或者腹腔鏡手段進行腫瘤的局部切除，其局限性在于腫瘤相對局限在一種器官，或者是潛在可切除的間質瘤，手術切除是首選治療原則。與此同時可能由于胃腸間質瘤對于傳統的化療藥物并不敏感，相對用在胃癌、結直腸癌上的一些化療藥物，在胃腸間質瘤上并沒有效果，因此對于胃腸間質瘤可以考慮采用一些靶向治療。目前針對胃腸間質瘤的靶向治療稱為格列衛，已經非常明確可以用于某些基因特定表型胃腸間質瘤的術前、術后輔助治療。