賁門胃底潰瘍不一定是癌癥，但易轉化為癌癥。有文獻報道，2%-3%的賁門部潰瘍可轉化為賁門癌。賁門部潰瘍轉化與多種因素相關，如遺傳因素、年齡、是否及時干預、潰瘍大小及胃鏡下潰瘍是否伴有污垢等。污垢較多時，潰瘍癌變發生率或較高；直徑＞2cm的長期不愈合的潰瘍，癌變發生率較高；小潰瘍經過治療一般可康復，癌變發生率較低。