較多患者發現賁門癌時已為晚期，大部分患者失去手術機會。臨床上，包括晚期患者，總體賁門癌患者的5年生存率為15%-20%。手術患者1年生存率可達90%，3年生存率約為60%。 由于近年來醫藥水平的提高，尤其是靶向藥和化療藥的發明，使患者的3年生存率及5年生存率均有所提高。其中，3年生存率提高5%-10%，5年生存率提高3%-5%。