沙眼衣原體不會引起肺炎，可引起沙眼。衣原體肺炎是由肺炎衣原體感染所致，肺炎衣原體肺炎多見于社區獲得性肺炎，又稱為非典型肺炎，與細菌感染所致的肺炎不同，主要癥狀是咳嗽，極少出現高熱，造成肺間質性病變；而細菌性肺炎會造成肺實變、滲出。兒童、青少年、老年人均可出現衣原體肺炎。衣原體肺炎對頭孢、青霉素類抗生素不敏感，首選藥物是大環內酯類，如阿奇霉素、羅紅霉素、克拉霉素，其次是喹諾酮類，如左氧氟沙星、莫西沙星等。