耐多藥肺結核主要采用藥物治療，因對主要的兩個抗結核藥物異煙肼和利福平產生耐藥性，因此殺滅耐藥細菌，需增加藥物種類。普通結核病需服用4種結核藥，而耐多藥結核病需5-6種，甚至7-8種抗結核藥物聯合應用，因抗結核藥物使用較多，導致治療費用增高、副作用增多，并且其治療療程較長，24個月，甚至36個月，其中還包括8個月左右的注射劑治療。