胃腸道間質瘤是交界性腫瘤，起初體積較小，通常為良性，逐漸長大。組織類型發生變化，核分裂數增多，逐漸演變成惡性。上述過程相對較漫長，間質瘤2cm以下均為良性，無需外科干預。但部分特殊部位間質瘤，如賁門、十二指腸乳頭附近，對于1cm間質瘤，需積極手術處理。 手術切除為治療間質瘤根本治療方法，術中需動作輕柔，防止破損。一旦術中破損，腫瘤分級明顯提升，即為惡性，易發生腹腔種植轉移。間質瘤一旦變成惡性，晚期預后較差，即使術后也易發生復發，且易發生種植轉移。