陰囊長小肉粒的原因具體如下：1、毛囊炎或者皮脂腺炎：這種感染一般是陰囊表面常見的細菌感染導致，如大腸桿菌、葡萄球菌，由于是細菌導致的皮膚淺表感染，所以治療首選能夠外用的抗生素軟膏，比如紅霉素軟膏、百多邦軟膏(莫匹沙星軟膏)。如果陰囊表面瘙癢感比較重，可以使用爐甘石洗劑，能夠顯著止癢；2、尖銳濕疣：是性傳播疾病，患者一般有不潔的性接觸病史，在做檢查的時候，發現這些小肉粒某些會長得像菜花一樣，這是由于HPV感染所致，可以先做尖銳濕疣的快速鑒定。明確診斷以后，如果肉粒很小，可以首選采用激光或冷凍的方法進行切除，切除之后，表面再涂上5-FU軟膏(氟尿嘧啶軟膏)，患者基本就可以康復，日后也要注意潔身自好，否則還是容易復發。