子宮內膜異位癥的最佳懷孕方法取決于子宮內膜異位癥程度。卵巢囊腫在六七公分以內，可考慮自然懷孕半年，失敗后再選擇促排卵或手術治療。手術可能破壞卵巢組織，導致卵巢功能早衰影響懷孕，術前應做AMH評估卵巢功能情況，卵巢功能正常可擇期手術。為預防術后卵巢功能衰退或排卵異常，術前可取卵冷凍以備不時之需。手術后應盡早促排卵助孕或到不孕不育專科做試管嬰兒。