中醫認為子宮內膜異位癥最主要、最根本的病機是血瘀，所以中藥口服治療的時候，常采取活血化瘀的藥物，配合行氣、補腎、溫陽、利濕等中藥治療。除了中藥口服治療，還可以配合外治法，比如中藥外敷，口服中藥的藥渣子可以放在小腹部進行外敷，也能夠起到活血化瘀、止痛的效果。還可以采用中藥灌腸的方法，中藥濃縮制成湯劑，濃縮至100ml左右，緩慢灌入直腸。因為腸道位于盆腔內，藥物可以通過腸道直接吸收入盆腔，對子宮內膜異位癥也有治療作用。