小兒重癥肺炎的后遺癥與治療是否及時、治療措施是否到位有關。早期積極治療后遺癥較少，如延誤治療或病原微生物毒力較強，可導致肺大皰、胸腔積液等并發癥，對氣管組織造成嚴重破壞，使氣道狹窄，甚至氣道閉塞，出現閉塞性支氣管炎、支氣管擴張、肺不張。若為腺病毒感染或合胞病毒感染，易造成氣道高反應，使患兒成為支氣管哮喘的高發人群。若重癥肺炎影響大腦，甚至還可出現中樞神經系統后遺癥。