腰穿為神經科基礎的檢查手段之一，雖不存在較大的風險，但其為有創的檢測手段，相應的也會有一些風險。如患者腰椎部極個別的血管變異，可導致出血，或因醫生操作技術水平有限及手法錯誤，可導致患者腰部或腿部的疼痛，或出現腰部活動受限；此外，如患者存在隱匿性的血管瘤，可導致較嚴重的并發癥，如穿刺部位以下的感覺障礙，甚至影響活動。所以，雖然腰穿是常見的檢測手段，醫生仍需認真對待。