霰粒腫手術是眼科小手術，風險較低，但任何手術均會存在一定風險，主要與術中麻醉藥的使用有關，如果患者對麻醉藥過敏，則風險較大。另外，手術后也會出現一定的復發概率，故手術過程中需要將囊膜、囊壁切除干凈，減少復發。 另外，如果進行局麻下手術，則可能因小兒哭鬧等動作而發生一定危險，可選擇在全麻狀態下手術，一般不會引起后遺癥。