大部分肛瘺由細菌感染引起，多有直腸肛管周圍膿腫，免疫力正常情況下不會發生感染，當勞累、抵抗力下降時，細菌可進入到肛門內外括約肌的間隙內引發感染，進一步擴散到肛門周圍，形成肛門周圍的膿腫。膿腫表面的皮膚破潰或者膿腫切開引流后，膿液通過破口流到肛門外，膿液流出后膿腔逐漸縮小，形成橄欖形的管道即為肛瘺，單純性肛瘺可發展為復雜性肛瘺。