肛瘺一般繼發于肛周膿腫或者肛周感染。肛門周圍發生感染或者膿腫以后由于膿腫破潰，或做膿腫的切開引流后，外口持續不愈合會形成慢性肛瘺。另外，肛瘺和肛周膿腫只是肛門周圍感染性疾病的不同階段。膿腫一般都是急性期，膿腫引流后有內口和外口相通，慢慢形成竇道就可以形成慢性期。 還有少見疾病，比如潰瘍性結腸炎、克隆氏病、惡性腫瘤等疾病并發肛瘺，其肛瘺與普通肛瘺又不同。其發病比較緩慢，而且治療效果也不好，常不能愈合。這種少見疾病不僅應該治療肛瘺，更重要的是治療原發病，比如治療潰瘍性結腸炎、克隆氏病等，效果才能更好。