肛周膿腫一旦發病，越早手術越好。肛周膿腫的治療原則即為未化膿時以保守治療為主，但一般的病人發現有明顯的肛周腫痛時均存在化膿，早期時可能一般都沒有重視。如果表淺膿腫會摸到明顯波動感，但是膿腫位置比較深，即使很嚴重，表面也沒有波動感。這時候有經驗的醫生做肛門指檢可以發現，也可以進行輔助檢查，比如直腸腔內B超、肛周B超、盆腔的CT檢查可以發現膿腔。 若已經化膿則越早手術越好。如果盲目使用抗生素治療，選用的抗生素對感染的細菌有效，可暫時控制急性炎癥，但無法完全根治，而且以后還會在機體抵抗力差的時候，可能還會再急性發作；如果是抗生素未生效，則完全就是耽誤病情，膿腫會急劇的增大，侵犯肛周的肌肉組織，對肛門功能的損傷越大。