新生兒吃母乳消化不良后的治療方法主要包括： 1、原發性乳糖酶缺乏導致吃母乳消化不良：新生兒出生后即缺乏乳糖酶，吃母乳時易出現大便稀、次數多等情況，此時可采用去乳糖的配方奶粉代替母乳進行喂養； 2、繼發性乳糖酶缺乏導致吃母乳消化不良：新生兒感染某些病毒后，造成小腸絨毛損傷，導致乳糖酶的合成減少，吃母乳時可出現消化不良，此時應針對原發疾病進行治療，待腸道功能恢復后，乳糖消化功能可自行恢復。