腦干膠質瘤往往最常見的有兩種類型，一種是彌漫性的內生型的腦橋膠質瘤，還有一種是局灶性的腦干膠質瘤。它們都會有不同的癥狀。腦干的功能非常復雜，有不同的核團，這時候不同的位置可以導致不同的癥狀。其中包括顱神經的麻痹、癱瘓或共濟失調，可以占到一半以上的患者。最常見的累及的顱神經是面神經和聽神經，其中有1/10的患者可以在就診時出現腦積水，導致顱內壓增高。還有一些患者在診斷時會出現腫瘤的出血，但大部分出血是比較少的。而兒童患者有出血的概率會高一些，可以達到20%，往往發生在腫瘤壞死的區域。但是在延髓、頸髓交界處的腫瘤通常表現為后組顱神經的功能障礙，臨床病程往往比較長，甚至可以達到很多年。