呼吸暫停綜合征會引起咽部不適。由于咽部是呼吸過程中，氣流必須通過的部位，如果病人由于肥胖導致舌體后墜，或咽部較肥厚的，打鼾過程中氣流反復沖擊，可使咽部干燥，導致次日清晨出現咳嗽、咽部反復充血的癥狀，若患者存在吸煙、飲酒、熬夜等不良生活習慣，咽部癥狀將更加明顯。此種情況治療后將得到一定程度的緩解，關鍵在于戒除不良生活習慣，并進行科學化的治療，從根本上緩解咽部的不適癥狀。如果咽部不適癥狀超過2-3個月仍未緩解，則可發展為慢性咽炎。