臨床上，普通腸炎的治療一般可使用氟哌酸、慶大霉素、黃連素等消炎藥，細菌性腸炎治療也如此，此外還需大量補液、補鹽水等。病毒性腸炎與普通腸炎治療類似，但因其涉及病毒感染，因此還需加用抗病毒藥物進行治療，如若患者已確診為病毒造成的急性胃腸炎，還需加用抗病毒藥，如感冒藥或利巴韋林，此類藥對病毒性腸炎治療效果較佳，同時對治療患者發燒或頭痛有一定益處。