自體脂肪填充疼痛程度與患者耐受性和手術創傷大小有關。如果患者需要填充脂肪較少，手術可在局麻下進行，除注射麻醉時出現輕微疼痛外，手術過程無疼痛感，麻醉后患者抽脂部位可出現輕微疼痛，均在耐受范圍內。如果大范圍抽脂，需全麻下進行，手術過程無痛，患者麻醉失效后可感覺抽脂部位疼痛較明顯，但大多24小時后逐漸緩解，疼痛程度在耐受范圍內。