臨床認為手術并非鼻咽癌的首選治療方法。由于鼻咽癌手術較復雜，因此鼻咽癌切除術可能出現的后遺癥較多。如術中可能出現神經損傷、血管損傷，進而引發吞咽功能障礙等。 其中迷走神經的損傷可導致聲嘶、胃腸功能紊亂，而舌咽神經損傷可導致咽部感覺障礙。另外，鼻咽癌還可導致于頸部大血管損傷，尤其是頸內動脈損傷，可引發致命性大出血。