先天性心臟病手術費用與患者病種、手術方式等有關，若患者病情較輕，則術后恢復順利，花費較少；若患者存在心功能不全、肺動脈高壓、心律失常等全身癥狀，則花費較高。如患者行動脈導管未閉、房間隔缺損、室間隔缺損等介入手術，一般總費用為2-3萬元。當前我國有城鎮醫保、新農合等報銷方式，患者自負費用約為1萬多元。若為18歲以內的先天性心臟病患者，行相關手術基本免費。