直腸指檢是肛腸科醫生最主要的一種檢查方法，是用右手戴上手套，食指涂上石蠟油由肛門進入直腸。首先感覺肛門口松緊度，看有沒有松弛，有沒有肛門狹窄、緊張，然后再往里進入看有沒有發生腫物、腫瘤、硬結，再觀察指套上有無出血、黏液。通過指診很多疾病都能發現，比如息肉、肛乳頭瘤、直腸癌等疾病。肛門指檢除小孩、幼兒因為肛門比較小，醫生指頭比較粗不太適合外，其他患者都可以做肛門指診，指診不會造成損傷，而且可以發現很多不能發現的疾病。