大多數的心臟手術都是在心臟停止跳動的情況下完成的。讓心臟停止跳動的方法主要是灌注心肌保護液，通過心肌保護液的低溫和高鉀，讓心臟跳動停止。心肌保護液的灌注是通過體外循環機上一個可以監測壓力和量的特殊裝置，然后通過升主動脈根部的一個心肌保護液灌注針灌注到心臟內。一般首次灌注心肌保護液的量為每公斤體重20-30ml，第一次灌注后25-30分鐘，需重復灌注心肌保護液，目的是讓心臟處于一個低溫和停跳的狀態，減少心臟的代謝和做功，以達到保護心肌的作用。心臟停跳的時間是由心臟外科的操作來決定的，正確地灌注心肌保護液，基本上能夠得到需要的營養成分。讓停跳的心臟恢復跳動，最主要的是打開升主動脈的阻斷鉗，讓心臟的血流供應得以恢復，同時也要進行血流的復溫，讓心臟的溫度得以恢復，從而使心臟恢復跳動。如果在升主動脈阻斷鉗打開以后，心臟不能自動復跳或者是出現室顫的情況，可以用電擊除顫或者藥物除顫的方法讓它恢復跳動。對于不跳也不顫的心臟，則可以用臨時起搏器帶動它跳動。