不同病因引起的角膜炎，藥物使用及選擇有所不同。細菌性角膜炎可采用頭孢菌素、氧氟沙星、左氧氟沙星、諾氟沙星等，配合使用小牛血去蛋白提取物促進角膜修復，普拉洛芬可減輕角膜炎癥反應，嚴重者可使用激素類眼藥水，如地塞米松；病毒性角膜炎可選擇阿昔洛韋眼藥水、病毒唑、更昔洛韋眼膏等；真菌性角膜炎可選用氟康唑、伊曲康唑、納他霉素、兩性霉素眼藥水等。