第一方面，由于試管嬰兒治療中需要用藥物進行促排卵治療，這個時候女性體內的雌激素水平非常高，卵巢增大，容易出現卵巢過度刺激綜合征、卵巢扭轉這樣的情況；第二方面，試管嬰兒治療需要進行取卵手術，可能出現手術感染、出血，以及臟器的損傷。第三方面，為了提高試管嬰兒的成功率，會給患者移植超過一枚的胚胎，就會出現多胎妊娠的情況。多胎妊娠可能增加早產率，流產率以及產科的各種并發癥。目前由于輔助生殖技術的提高，單胚胎移植是一大趨勢，因此多胎妊娠的幾率是下降的。此外試管嬰兒也有可能出現宮外孕。雖然醫師會把胚胎植入到子宮最好的位置，但是植入之后胚胎不是馬上著床，而是有一段時間的游走，在這段時間胚胎可能游走到子宮之外著床，此時就發生宮外孕。一旦發生宮外孕，一定要及時的治療。但試管嬰兒的促排卵治療不會導致卵巢早衰，雖然正常的女性每個月只有一枚卵子發育成熟并且排卵，但每個月實際消耗掉的卵子至少是15-20個以上，藥物的作用就是把這些即將消耗掉的卵子重新挽救回來，使它最終也可以成熟，而不是提前消耗了儲存的卵子。