任何治療都有利有弊，試管嬰兒同樣也是如此，試管嬰兒的并發癥最主要之一是卵巢過度刺激。因為在做試管嬰兒的時候，需要用很多藥物來刺激卵泡，卵巢里面長出更多的卵泡，能拿出更多的卵子，試管嬰兒的成功率則會高。但是如果用藥過多，或者病人反應過度敏感，則會長很多的卵泡，會導致體內的雌激素水平過度地升高，過度升高的雌激素水平，會導致卵巢過度刺激，卵巢會變得很大。同時體內的液體也會重新分布，血液里面的液體會轉移到盆腔和腹腔里，導致腹水，嚴重的甚至會有胸水、呼吸困難、低蛋白血癥，都會導致女性的健康狀況進一步惡化。比如肝功能受損、腎功能受損，甚至有血栓形成等，最終導致女性的身體發生一些器質性，甚至是致命的變化。試管嬰兒大劑量的刺激，有可能會對乳腺、子宮肌瘤有刺激，會加重乳腺異常的增生，子宮肌瘤會變得更大，或者子宮腺肌癥也會變得更大，也是一些不利的因素。還有高雌激素引起血液濃縮后，容易形成血栓，而血栓不管是栓到什么地方，栓到腦子里、肺臟，均致命。栓到下肢靜脈里，會引起腿疼，如果血栓脫落以后，則會導致肺栓塞的危險，所以這些都是做試管嬰兒的并發癥。此外，做試管嬰兒的出生后代，在成人源性的疾病的發生率上，相對也會高一些。但是總的來說，畸形率還算在可控制的范圍內。