多種疾病都可以導致腦積水，比如顱腦的損傷、腫瘤，腦血管病等。微創治療的后遺癥和原發疾病本身有關，單純的腦積水患者通過微創手術治療效果比較好，后遺癥幾乎沒有。如果是很復雜的原發疾病導致梗阻性腦積水，有時患者后遺癥就會相對會多一些。微創治療的后遺癥和術者的操作技術及手術的嫻熟程度有很大關系。如果術者對腦室系統的解剖掌握很好，有多例手術治療腦積水的經驗，操作就會對周圍組織影響比較小，手術就會獲得成功，患者就幾乎沒有腦積水的后遺癥，所以腦積水的后遺癥和術者的操作也有一定的關系。腦積水微創治療，總體而言后遺癥比較小，前提是患者必須接受正規且規范化的治療。患者選擇比較大的規范化醫療中心或者醫院進行救治，后遺癥就會很小。如果操作出現意外情況，比如術者操作技術不熟練，有異常的血管或者神經未在手術中及時發現，出現損傷，損傷到神經會引發相應的腦功能的障礙，比如神經斷裂后，可能患者會出現面部麻木、口角歪斜或者流口水。如果血管出現損傷，小的血管影響不是很大；如果大的動脈血管出現損傷，會導致相應的供血區域出現缺血，病人會出現腦缺血的癥狀，病情嚴重的患者可出現意識障礙，也就是昏迷；病情較輕的患者，有輕微的肢體活動功能障礙，輕偏癱等，主要是看具體損傷發生的部位。