預防手足口病最重要的就是做好疫苗接種，目前我國已經有針對手足口病的一個疫苗，叫EV71疫苗。因為引起重癥手足口病，絕大部分是因為EV71感染引起的，而其它病毒感染引起的手足口病大多是輕癥；另外，在流行季節一定要注意衛生，尤其是手的衛生，要注意經常洗手，用肥皂或者洗手液洗手，而不是單用水，因為這樣才能有效的清除病毒。幼托機構、游樂園在流行季節要注意檢查進入園區的兒童手上或者腳上是否有皮疹；另外，園區的一些器具要經常用含氯消毒液定期抹洗，家長也要注意，盡可能避免帶患病的兒童到公共場所，以免傳染給別的孩子。