肛周膿腫一旦發生，建議盡早手術，因肛周膿腫單純保守治療即抗炎治療僅部分能得到控制。 即使此次因抗炎治療好轉，在肛周膿腫形成位置會形成炎性硬結，平時無表現、無不適感，但會反復發作，因此肛周膿腫一旦發現，建議盡早手術治療。不做手術一般肛周膿腫不會自愈，手術方式有很多種，包括單純切開引流，切開引流后形成肛瘺再做二次手術。現在常用一次性肛周膿腫根治術。手術方式根據實際病情決定，如膿腫特別大、特別深，需先做切開引流，等二次再做根治手術，如膿腫位置較低、范圍較小，做一次根治即可解決問題，避免二次痛苦。