顯微外科的手術指征，其實適應癥還是要適應顯微外科的特點。顯微外科的特點又涉及到非常微觀的方面，要利用顯微鏡來完成手術操作。顯微外科的適應癥是所有的在普通外科手術不能完成的高難度的手術，涉及到血管、神經、肌腱以及腦組織、眼部的手術，這些都涉及到顯微外科，包括耳廓的內耳手術均涉及顯微外科。所有的手術的禁忌癥是共同的，手術禁忌癥主要包括病人的全身情況，全身情況是否允許，心肺功能是否健康。如果心肺功能影響到手術，對顯微外科的手術也有禁忌，因為顯微外科手術另外一個特點就是往往顯微外科手術的操作非常精密，手術時間非常長，所以對麻醉、病人本身耐受手術的情況、全身的狀況都有非常嚴格的要求。