當血栓隨著靜脈系統回流到肺動脈中，就會阻塞肺動脈及其分支，造成一系列的癥狀。首先人體靜脈血受到血栓的阻擋，不能夠和氧氣結合變為動脈血，這時可能會出現低氧。血流由于栓子的阻擋，不能夠進行氧合，不能夠進行動脈的回流，人體的血壓就會下降。最常見的癥狀就是氧合低、血壓下降、氧飽和度下降，同時如果栓塞造成肺部梗死，就會出現胸痛、呼吸困難，甚至會出現咳嗽、痰中帶血，所咳出的就可能是壞死的肺部組織。同時還會伴隨一系列癥狀，包括頭暈、面色蒼白，如果激活人體交感神經，可能出現大汗、心率增快等一系列癥狀。