肺部真菌感染的治療周期非常長，并且不同種類的真菌感染，治療周期也不同，主要分為如下情況：1、白色念珠菌：一般是二重感染，抵抗力低下的患者，比如艾滋病、腫瘤患者，可以感染原發性白色念珠菌，出現白色念珠菌肺炎。此類患者的療程超過2周，大多數患者在4周以上可以治愈；2、曲霉菌：對于肺部侵襲性真菌病，尤其是曲霉菌感染導致的疾病，療程要長一些，至少是3個月，主要根據病人復查的情況決定。如果存在腦部的病變或病情比較嚴重，恢復不佳，可能需要一年甚至更長的時間才能治愈；3、肺部隱球菌：肺隱球菌病的治療療程可以長達47個月，但對于大多數肺隱球菌病患者，單用氟康唑或者加用伊曲康唑或者伏立康唑等藥物，可以在3-6個月治愈，個別患者需要一年甚至更長時間，最長可以到47個月才可治愈。但大多數患者經過12個月的治療之后，則可以治愈。肺部真菌感染患者停藥時間主要取決于復查情況以及侵犯器官，即除肺外是否還有大腦及遠處其他比較重要的部位被侵犯。如果沒有，3-6個月可以停藥，如果有更重要的部位被侵犯或治療效果不佳、抵抗力低，可能需要1-2年甚至更長時間才能停藥。