治療肺部真菌感染的藥物，根據真菌感染的類型而有所不同。如果是肺部念珠菌感染，即白色念珠菌感染，可以選擇氟康唑進行治療。伏立康唑、棘白霉素類的藥物對念珠菌感染也有效，但氟康唑最常用且最經濟。如果是曲霉菌的感染，則氟康唑無效，必須選擇伏立康唑、伊曲康唑或者棘白霉素類的藥物，才能有效進行抗曲霉菌的治療，臨床中常用的藥物是伏立康唑和伊曲康唑。除曲菌、念珠菌的感染外，卡氏肺孢子菌的感染也屬于真菌感染，需要應用磺胺類藥物和棘白霉素類藥物進行治療。肺部真菌感染的藥物選擇，需要根據真菌感染的類型確定，還需根據患者的肝腎功能情況，選擇不同的抗真菌藥物。