肛瘺的常見癥狀主要是間斷性肛周腫痛及破潰流膿。間斷性肛周腫痛，是由于肛瘺外口引流不暢或者暫時封閉以后，瘺道內存在感染，導致局部腫痛。當腫痛到達一定程度后，就會出現外口破裂，繼而使膿液引流，患者的癥狀逐漸減輕。由于沒有完全解決肛瘺的內口和竇道，所以患者會經常出現局部腫痛及破潰流膿。由于經常發作，有時候會出現外口引流不暢，這時候局部感染以后可能向周圍蔓延，可能會形成多條瘺管，為治療增加難度，對于將來術后的恢復也需要更長時間。