肛瘺的癥狀主要表現在肛周皮膚外口經常會流出血性、膿性或者黏液性的分泌物，因為經常性出現，病人總是覺得內褲會有臟東西，同時流出時間比較長，而導致肛門瘙癢，甚至會出現皮疹，造成長期肛門不舒適的感覺。如果外口假性愈合，臟東西就會存在竇道里，進而會形成膿腫，即所講的肛旁膿腫。肛旁膿腫通常表現非常疼痛、寒戰、高熱。此時如果外口破潰后再次破潰，或者進行切開引流，把膿液放掉以后，其癥狀馬上可以緩解。然后等到一定時候，外口閉合后又再次閉合，然后反復出現同樣周期，這就是肛瘺比較常見的表現。