導致尿結石的因素很多，通常包括全身性因素和局部性因素。全身性因素主要包括自身的新陳代謝紊亂，例如甲狀腺功能亢進的病人，或甲狀旁腺功能亢進的病人，存在自身代謝紊亂，容易形成尿路結石。另外與生活環境有關，例如南方天氣熱、出汗多，也可能會出現泌尿系結石。還與飲水有關，住在山區的居民因為水質含鈣比較豐富，也很容易出現腎結石。腎結石還與種族、遺傳等一系列因素有關。引起腎結石的局部因素主要包括病人自身的解剖結構出現問題，例如腎盂輸尿管連接處出現狹窄，這種情況可導致尿流不暢，容易長成結石。還包括解剖畸形，部分病人是因為雙側腎盂雙腎輸尿管畸形，導致尿液在下降的過程中不順暢，也容易形成結石。此外，病人自身存在異物，也可能會長結石，例如膀胱內有異物，或者以前手術在膀胱內遺留有線頭，在異物的附著下也容易形成結石。還有尿路感染、膀胱出口梗阻這些疾病也容易形成結石，例如老人前列腺增生，因為膀胱出口梗阻，每次排尿不盡，尿液長期在膀胱內停留，也容易形成泌尿系結石，主要是指膀胱結石。