尿結石通常有多種的綜合致病因素，有時可以找到很強的致病因素，比如甲狀旁腺功能亢進、遺傳性的胱氨酸尿癥等。更多的時候由其他較弱的多種致病因素結合引起，比如社會、環境因素等。尿石癥在我國南方地區的發病率比較高，北方地區比較低，中部地區基于中間，說明氣候的因素影響很大。尿結石的引發因素還有一個更重要的因素是內因，即個體本身的因素，比如長期喝水少，尿液濃縮，引起結晶的形成，并逐漸累積，同時微顆粒也逐步形成。個人的生活習慣導致尿結石的情況比較多見。尿結石的致病因素還有一個是泌尿系統本身的畸形、梗阻，其中梗阻是最重要的一個致病因素。梗阻導致尿潴留，造成潴留尿中的結晶越來越多，是形成結石的重要因素之一。