治療胃腸道間質瘤目前首選手術切除，手術切除的方式有很多種，目前比較常用的有開腹手術和腹腔鏡手術。近幾年隨著內鏡手術的發展，目前內鏡下的手術可以把間質瘤完全切除，但是也要根據腫瘤的大小。 一般如果腫瘤比較大或者向腔外生長，建議大家做外科手術或者腹腔鏡手術。但是如果間質瘤比較小，建議選擇胃鏡下手術。 一般三公分以下向腔內生長的腫瘤，選擇內鏡下切除則非常好，可以完整的切除瘤體，同時保留胃壁。而外科手術，往往會進行楔形切除，切除瘤體的同時也會切掉一部分胃壁。 從損傷的程度來看，胃鏡下切除的損傷更小，而且病人恢復的更快。當然并不是所有的胃腸道間質瘤都適合內鏡切除，需要根據病灶的大小以及程度，比如分級、危險度。中危以上的腫瘤，進行外科手術比較好。 極低危或者低危的腫瘤，進行內鏡下切除，也可以達到非常好的效果。