良性胃腸道間質瘤是否需要手術切除，應該根據腫瘤的大小、病理特點、腫瘤位置等進行綜合的評估來決定，無法一概而論。臨床上根據腫瘤的大小、核分裂象計數，以及發生的部位，可以把原發可切除的間質瘤患者分為極低危、低危、中危和高危，一般極低危和低危相當于常說的良性胃腸道間質瘤。對于胃部的胃腸道間質瘤(GIST)，即腫瘤的直徑<2cm，應做超聲胃鏡來明確是否存在危險因素，危險性高的需要手術切除，危險性低的則不需要手術切除，但要規律的進行隨訪觀察。對于>2cm的良性胃腸道間質瘤，要積極進行手術切除。如果合并有了不良因素，比如邊界不規則、潰瘍、強回聲和回聲不均勻等，此時危險性較高，建議患者到有經驗的醫院進行腹腔鏡或者內鏡下切除。如果沒有上述不良因素，可以定期隨訪觀察，復查超聲內鏡，其時間間隔一般是6-12個月，此時通常不需要手術切除。對于內鏡隨訪困難的患者，可以考慮開放手術切除。另外，對于其他部位的胃腸道間質瘤，一經發現，還是要早期手術治療，而對于>2cm的良性胃腸道間質瘤，則需要積極進行手術切除。