吞咽困難的鑒別診斷不是通過癥狀進行鑒別診斷，而是疾病是由于什么引起或者怎么樣去確定吞咽困難的起病原因。吞咽困難最常見的幾類疾病包括中風、神經肌肉一類的疾病及口腔、咽部或者食道一類的癌癥或占位，也有比較常見的，比如食道的炎癥、口腔的炎癥一類的疾病。食管癌引起的吞咽困難，早期多半患者不會有吞咽困難的表現，但是，到了中期之后會出現進行性的吞咽困難。如果出現進行性吞咽困難，需要考慮是不是存在食道的癌癥或者其他類型的疾病。賁門的痙攣，這樣一類的病人也會出現咽下困難，是吞咽障礙的一種類型，而且癥狀出現的時間比較晚，跟病人的心態或者情緒等有比較多的相關性。