美國CDC強調生殖器皰疹是不可治愈的終身性疾病，雖然臨床上的皮損可以自行痊愈，病程數天到2-3周不等，但皮損的愈合并不代表疾病的控制以及減少疾病的傳播和復發。 對于初發患者，抗病毒治療可以有效縮短病程，建議生殖器皰疹患者在疾病的發作期間和復發期間，需要藥物干預。即使生殖器皰疹的皮損可以自行痊愈，但仍然強調進行抑制性抗病毒治療和發作期抗病毒治療，對于預防疾病的復發和縮短病程有重要意義。