生殖器皰疹的初發是性傳播性外源性感染，盡管生殖器皰疹是自限性疾病，但其在支配初發性感染的皮膚和黏膜的感覺神經元內長期潛伏感染，目前生殖器皰疹很難徹底治愈，且容易復發。治療上目前使用較多的為一些抗病毒類藥物，如阿昔洛韋、伐昔洛韋等，這些藥物在臨床上廣泛使用且短期效果較佳；如果為長期復發的患者，反復吃藥可能會出現耐藥性，此時可換用其他藥物，如膦甲酸鈉等；除此之外，還可以使用干擾素來抑制病毒復制，調節免疫。或者采用干擾素誘導劑增強抗體形成。