高功能孤獨癥與低功能孤獨癥很難鑒別。高功能孤獨癥有孤獨癥的病理特點，相對于低功能孤獨癥，能較好地適應外界環境，但是患者的語言表達及溝通能力匱乏與低下。如有些孩子能滿足家長的某些需求，可以說話，做簡單溝通，甚至會背著書包上學，但是孩子的成績與正常孩子不能相比。也有一種假象，有些孩子有對立違抗的現象，與親人及老師的對立，不愿溝通、刻意不說話，這是對立違抗的結果，不是高功能自閉的結果。對于這類現象應到專業機構做仔細甄別，是患者違拗、不說話，還是患者說話及語言表達能力差，究竟是腦受損問題還是其他問題。很難甄別高功能孤獨癥和低功能孤獨癥，很多情況需要依靠經驗鑒別。