胃間質瘤的最佳治療方法，無非就是手術切除，手術切除即根治性切除。但是臨床碰到的胃間質瘤往往并不簡單，也不是皆可以手術切除。有的胃間質瘤腫瘤較大，如>10cm，或者長在較大的關鍵部位，如在賁門，或者長到周圍的組織上，如脾臟。像上述間質瘤，在治療上，可能要通過術前治療或者輔助治療，先口服靶向藥物。現在常用的就是伊馬替尼，使腫瘤縮小。在縮小以后，切除范圍會減小，手術難度也降低，手術創傷也會縮小。在病人的手術以后，功能可能保留得更多，恢復得更快。所以最佳的治療方法，則因不同的病情，而有不同的處理方法。當然晚期的間質瘤已經出現了肝臟、肺或者遠處轉移，最佳的治療方法就是口服靶向藥物，不能盲目選擇手術治療。